牡丹种植技术是依据牡丹“宜凉畏热，喜燥恶湿”生物习性形成的栽培体系，要求选择地势高燥、排水良好的沙质壤土，pH值6.5-8.0，土壤需深翻30-40厘米并施入饼肥、复合肥及厩肥作底肥。栽植时间为9月中旬至10月中旬，根茎交接处与土面齐平，株行距推荐50×50厘米 。
繁殖方法涵盖播种、分株与嫁接：播种需在8月下旬至9月下旬进行，种子经温水浸种、赤霉素处理及沙藏后育苗；分株适用于五年以上植株，嫁接多采用芍药根嵌接 。养护管理强调每年三次追肥，花前、花后及越冬前分别施用腐熟饼肥与复合肥，配合松土保墒与适度浇水。病害防治以甲基托布津、多菌灵为主，虫害采用辛硫磷灌根或毒饵诱杀 。现代技术引入智能化控温控湿系统，推动运输方式从马车转向航空，销售渠道扩展至线上平台。2017年，经洛阳农林科学院和深圳华大基因研究院近三年的共同努力，牡丹基因组在世界范围内被首次破译。该成果填补了芍药科植物基因组研究的国际空白，也让“牡丹源自洛阳”有了基因证明来自中国科学院、中国农业科学院、西北农林科技大学等单位的多名基因研究专家、牡丹研究专家到场，见证该成果的发布 。2023年菏泽牡丹栽培系统被列入山东省农业文化遗产 。2026年1月12日，农业农村部公示第八批中国重要农业文化遗产候选项目名单，菏泽牡丹栽培系统入围。
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