福建中医药大学中医学院现有中医基础理论、中医诊断学、中医医史文献、中医临床基础等4个学科，下设中医基础理论、中医诊断学、内经、伤寒论、金匮要略、温病学、各家学说、中国医学史、医古文等9个教研室。成立了中医证研究基地、中医药文化博物馆、中医经典研究室、医易文献研究所等4个发展平台。现有4个硕士学位授权点，4个国家中医药管理局重点建设学科，1个国家级教学团队，1门国家级精品课程，4个省级重点学科，2个省级教学团队， 7门省级精品课程，9门校级精品课程。
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