《生物信息学基础》是由孙啸、陆祖宏、谢建明合著的教材，2005年由清华大学出版社出版。该书针对基因组与后基因组时代的研究需求，系统整合数学、计算机科学与生物学方法，旨在为交叉学科研究人员提供基础方法论支持 。
全书共8章，涵盖分子生物学基础、序列比对算法、基因组信息分析、蛋白质结构预测及基因表达数据处理等核心领域。内容包含生物数据库构建、动态规划算法、隐马尔可夫模型等技术解析，并附有常用工具与专业词汇表。该书采用理论结合案例的教学框架，既可支撑高校生物信息学课程教学，也能为生命科学研究者与计算机应用人员提供实践指引 。
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