济宁学院附属中学地处运河之都济宁市，其前身是创建于1952年的杨坊巷小学，先后更名为青华洞小学、实验小学、济宁市第七中学、济宁市第四中学、济宁师范专科学校附属中学、济宁学院附属中学（以下简称附中）。2000年、2003年原济宁市第十中学、原济宁市第六中学相继成建制并入，分别更名为附中分校区、南校区；2012年，附中与高新区社会事业发展局签订合作协议，托管丰泰中学，更名为附中高新区校区；2018年7月28日，附中与太白湖区社会事业发展局签订合作协议，托管太白湖实验中学，更名为附中太白湖校区；2018年8月26日，济宁学院附属中学教育集团（以下简称附中教育集团）成立，济宁市第三中学、第四中学成为附中教育集团三中校区、四中校区；2020年，附中红星校区建成并投入使用，成为附中教育集团红星校区；2021年，附中教育集团托管崇文学校，成为附中教育集团崇文校区。附中教育集团目前形成了“一校十区”的办学格局。
2025年7月，济宁学院三中校区、四中校区两所学校挂牌调整为附中龙行校区和附中翰林校区。
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