《四库全书存目丛书》是由季羡林担任总编纂，1992年启动、1997年由齐鲁书社影印出版的大型古籍丛书 。编纂缘起于1992年5月国务院第三次全国古籍整理出版规划会议上周绍良先生的提议，1992年12月23日获国务院古籍整理出版规划小组批准立项。1993年1月成立编纂出版工作委员会，1994年9月正式组成编纂委员会，由季羡林任总编纂。编纂过程中，邓广铭、宿白等学者曾对全书影印存目之书提出异议，季羡林、周一良等学者则阐述了存目书的价值并支持原样影印出版。该项目旨在整理清代《四库全书》编纂时被列为存目而未收录的典籍 。原存目书籍共6793种，但因部分书籍未能访得，该丛书共收录现存古籍4508种 。
全书共收录4508种古籍，涵盖经、史、子、集四部，包含宋刻本15种、元刻本21种、明刻本2152种及明清抄本、稿本等珍贵版本 。所收书籍散藏于国内外116所图书馆、博物馆及少数私人藏书家手中 。
编纂出版工作由民间资本促成，历时五年，采用原版影印方式保留古籍原貌 。此后《四库全书存目丛书》等相继有了电子版 。2001年，齐鲁书社出版了《四库全书存目丛书补编》100册；2025年，又出版了《四库全书存目丛书三编》100册 。
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