笹井芳树（1962年－2014年8月5日），日本兵库县人，再生医学领域科学家。1986年毕业于京都大学医学系，曾任京都大学再生医科学研究所教授，2013年起担任理化学研究所发生与再生科学综合研究中心副主任 。
其研究方向聚焦胚胎干细胞（ES细胞）与诱导多功能干细胞（iPS细胞），1990年代发现神经诱导因子chordin并阐明其作用机制，2008年后通过SFEB培养法实现胚胎干细胞的三维分化，成功培育出大脑皮质组织及视网膜视杯结构，为再生医学提供重要突破 。2013年主导日本国家级眼部疾病治疗项目，推动干细胞临床应用 。2014年因担任学生小保方晴子STAP细胞论文共同通讯作者卷入造假丑闻，该论文因篡改图像被撤稿 ，调查期间承受舆论压力并于同年8月5日在理化学研究所自缢身亡，终年52岁。遗书强调“STAP现象具有合理性”，并鼓励小保方继续验证相关研究 。
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