云霄阁是位于巨船“蜃楼”内部炼丹房下方，为船主云中君（徐福）的居所及丹药试验场所 。该建筑装潢豪华大气，阁内云雾缭绕且弥漫酥魂香，可致入侵者昏迷，主体区域包含三座储存御鬼丹、真人丹、聚仙丹的丹药柜，擅动会触发公输家族制造的蛇形机关兽 。
云霄阁深处设有暗室用于丹药人体试验，内部囚禁大量服用御鬼丹形成的“药人”。云中君作为阴阳家金部长老，其炼制的丹药构成该场景的核心特征 。
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