台湾高等教育是始于19世纪末日本占领时期。1899年总督府第95号敕令公布台湾总督府医学校官制并设立台湾总督府医学校，后改名台北帝国大学附属医学专门部。此为台湾高等教育的开端。后又陆续设立台湾总督府农林专门学校、台北高等商业学校、台北帝国大学、台南高等工业学校和私立台北女子专门学校等。台湾光复后，除私立台北女子专门学校停办外，其余学校被接收改办，台北帝国大学改组为台湾大学。同时陆续创办新的高等学校，至1955年，共有大专学校15所，学生近1.8万人。
台湾高等教育包括大学、独立学院（以下简称大学校院）及专科学校合计共有161所。大学校院以研究高深学术、培育专门人才为宗旨，现有大学122所（公立有47所、私立有75所）、学院25所（公立有3所、私立有22所）；专科学校之教育则以教授应用科学、养成技术人才为宗旨，现有14所（公立有2所，私立有12所）。
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