金陵科技学院图书馆是学校的文献信息资源中心 ，于2003年由原南京金陵职业大学图书馆与南京农业专科学校图书馆合并组建而成。图书馆中心馆设在江宁校区，幕府校区设分馆，总面积41056平方米。截至2025年12月，馆藏纸质文献185万余册，电子图书438万余册。馆内建有特色馆“南京动漫图书馆” 。
南京动漫图书馆始建于2012年 ，坐落于江宁校区图书馆二楼和六楼，建筑面积约7000平方米 。其馆藏动漫图书17万册、动漫模型等数万件，是目前全国唯一的动漫专题图书馆 。2018年，南京动漫图书馆获批江苏省优秀科普教育基地 ，并探索“展教研普”一体化建设 。
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