深汕特别合作区党工委、管委会是深圳市委、市政府的派出机构 ，实行管委会主任负责制，负责合作区的全面管理工作 。管委会负责经济发展与产业政策制定实施、规划自然资源与城市建设管理、城市管理与综合行政执法、社会事务与公共服务管理等工作 ，并推进法治政府建设与依法行政 。李卓文任深圳市深汕特别合作区党工委副书记、管委会主任 。
2011年5月21日，广东省委、省政府将“中共深汕特别合作区工作委员会”和“深汕特别合作区管理委员会”牌子授予深圳、汕尾两市，合作区正式运作。2018年，深汕特别合作区党工委、管委会调整为深圳市委、市政府派出机构 。同年12月16日，调整后的中国共产党深圳市深汕特别合作区工作委员会、深圳市深汕特别合作区管理委员会正式揭牌，机构名称正式加入“深圳市”前缀 。
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