中国南方航空股份有限公司深圳分公司成立于2003年1月29日，是南航的非公司外商投资企业分支机构，负责人为袁金涛，位于深圳市南山区桂庙路民航大厦，主要从事航空客货运输及销售、航空器维修等业务 。
其前身南方航空集团深圳公司于1992年3月28日成立，是南航首家分公司及深圳首家基地航空公司。2000年成为深圳市场占有率最高的基地航空公司。2005年升格为一级副分公司。2014年提出“加大国际化发展，再造一个深圳分公司”战略，于2020年完成 。2021年8月曲光吉任总经理。2022年1月，机队规模扩至59架 。5月，开通的深圳-墨西哥城航线刷新了中国最长直飞国际航线纪录 。2020年12月，公司飞行部飞行二分部获广东省先进集体称号 。2024年1月，原总经理刘国军因受贿、贪污被判处有期徒刑十四年 。
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