DNA探针（DNA probe）是最常用的核酸探针，由几十至上千碱基对的单链或双链DNA构成，通过同位素、酶类或有色基团等示踪剂标记，利用碱基互补配对原则与目标核酸序列在特定pH值、温度及离子强度条件下特异性结合形成杂交体。杂交结果通过放射自显影或酶联反应检测，其稳定性受反应条件（如pH值、温度和离子强度）严格度调控。在高温、高pH值和低离子强度等严格条件下，不完全匹配的杂交体将解离，完全匹配的则保持稳定。
根据来源分为基因组探针、cDNA探针和寡核苷酸探针三类。标记方法包含同位素与非同位素标记两类，前者采用缺口平移法、随机引物法及末端标记法。杂交模式分为液相杂交与固相杂交，后者包括斑点杂交法、夹心杂交法和原位杂交法，可直接检测组织细胞内核酸序列。
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